健康的流域水生态系统是保障社会和经济可持续发展的基础。在实践中，我国水流域管理体制还存在保护与利用不协调、管理责任重叠及区域整体之间的冲突等亟待解决的等顶层机制问题。主要有二方面：

1、法律法规存在不协调性，环境标准存在缺失

一是现行的《水法》和《中华人民共和国水污染防治法》这两部法律在很多方面都存在不协调性。《中华人民共和国水污染防治法》赋予环保部门水污染防治规划的职能，有权设定每一个流域和子区域的水质标准，划分水环境功能区。而《水法》又赋予水利部水资源保护规划的职能，开展水质水量监测、水资源保护区的设立及纳污总量的控制。由此应运而生了两种在职能上相冲突又重叠的功能区划分方案。

二是流域规划在制定过程中以地方政府为编制主体，只体现了该地区利益，而没有充分考虑到其他地区水环境保护的利益，同时也未能考虑到保护相应流域内其他相关环境要素，使得流域规划不全面。

三是《中华人民共和国水污染防治法》修订后，并未及时对现有水质标准进行修订与完善。当前环境保护设施与保护力量主要集中在城市，农村水环境往往无法得到有效保护。由于水源地多数集中在农村地区，因而无法有效保护流域水源地的水质。

2、流域综合监管和保护能力不足，共管体制有待完善

（1）管理权责碎片化、浅层化。流域生态保护涉及环保、水利、农林等多个部门，职能多有交叉，界限较为模糊。长江、黄河、淮河、海河、珠江等流域都设有水利委员会，隶属于水利部，却承担着全流域的开发保护、管理监督以及水资源、水利水电等行政管理工作。实际运行中，各流域水利委员会在水利系统外的管理上力不从心，既无法实现全流域的社会化管理，也无法协调各部门的具体涉水事务，更无法在各地“为水打架”时发挥仲裁作用。例如，长江水利委员会名义上统筹全流域涉水事务，其统一调度职能却一直停留于纸面，规划的2020年可调度库容和发电量分别仅占23.7%和24.3%，由此可见一斑。

（2）流域上下游之间相互协调、共同把关的机制不健全。流域的生态环境保护与建设应该是流域内各行政区域的共同责任和义务。但目前，我国区域生态环境保护和污染防治存在不少问题和障碍。例如：同一条河流，上游省市“理智”地将污水处理厂建在了管辖区的下游位置，下游省市更“明智”地将自来水厂规划在上游地区，两者相距不过千米，真个是自扫门前雪。同一个河段，涉水部门间分工亦精细明确，“管水量的不管水质、管水源的不管供水、管供水的不管排水、管排水的不管治污”，缺乏相应的协调机制。由于行政区划的关系，流域上、中、下游各行政区域在享用流域资源的机会和保护流域生态环境的任务上并不对等，导致下游通过资源的开发利用而得到较快发展，而上游要承受保护生态环境的巨大压力而难以发展，形成了流域上下游发展水平的巨大差距。